Najważniejszy dokument pod względem procedur, w przypadku niemal wszystkich realizowanych projektów unijnych, stanowią „Wytyczne w zakresie kwalifikowalności wydatków w ramach Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności na lata 2014-2020”, dalej Wytyczne. Ich ostatnia wersja przygotowana została przez Ministerstwo Inwestycji i Rozwoju. Obecnie obowiązują Wytyczne z dnia 22 sierpnia 2019 r. [sygnatura: MIiR/2014-2020/12(4)] z późniejszymi zmianami (częściowe zawieszenie stosowania Wytycznych przyjęte 19 maja 2020 r.).

Istotny fragment dokumentu Wytycznych w zakresie kwalifikowalności wydatków dotyczy sytuacji uwzględnienia w wydatkach kwalifikowalnych środków obejmujących opłacony przez beneficjenta podatek VAT lub inne podatki. Ostatnie zmiany zobowiązały beneficjentów i instytucje (pośredniczące, wdrażające) do weryfikacji kwalifikowalności podatku VAT również w przypadku wydatków uczestników projektu i grantobiorców.

Zgodnie z sekcją 6.3. pkt 1 lit. k Wytycznych, za niekwalifikowalny uznaje się podatek od towarów i usług (VAT), który może zostać odzyskany przez beneficjenta albo inny podmiot zaangażowany w projekt lub wykorzystujący do działalności opodatkowanej produkty będące efektem jego realizacji, zarówno w fazie realizacyjnej jak i operacyjnej, na podstawie przepisów krajowych. Nie jest jednak brany pod uwagę do celów określania kwalifikowalności wydatków w ramach instrumentów finansowych sposób traktowania VAT na poziomie inwestycji ostatecznego odbiorcy, tzn. nie podlega rozpatrzeniu możliwość odzyskania przez niego podatku VAT (sekcja 6.18.1 pkt 6 Wytycznych).

Mając na uwadze powyższy fragment, kiedy więc podatek VAT czy inny podatek może zostać uznany za kwalifikowalny w projekcie unijnym?

Podatek VAT czy inne podatki lub opłaty mogą zostać przez Instytucję Pośredniczącą czy Instytucję Wdrażającą uznane za wydatki kwalifikowalne tylko wtedy, gdy brak będzie prawnej możliwości odzyskania tych podatków / opłat, na mocy przepisów krajowych. Co to oznacza?

Może dojść do stwierdzenia kwalifikowalności zapłaconego podatku VAT wyłącznie wówczas, gdy beneficjentowi ani żadnemu innemu podmiotowi, który jest zaangażowany w projekt lub wykorzystujące do działalności opodatkowanej produkty, będące efektem realizacji projektu, w fazie zarówno realizacyjnej, jak i operacyjnej, nie przysługuje prawo (tzn. brak jest prawnych możliwości) zgodnie z obowiązującymi przepisami krajowym, do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego lub ubiegania się o zwrot VAT. Posiadanie omawianego prawa (potencjalnej prawnej możliwości do obniżenia tej kwoty) wyklucza możliwość uznania wydatku za kwalifikowalny, nawet jeśli zwrot faktycznie nie nastąpił, np. ze względu na nie podjęcie przez podmiot czynności zmierzających do realizacji tego prawa.

Za posiadanie prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, o którym mowa wyżej, nie uznaje się możliwości określonej w art. 113 ustawy o VAT. Zgodnie z art. 113 ust. 1 ustawy o VAT, zwalnia się od podatku sprzedaż dokonywaną przez podatników, u których wartość sprzedaży nie przekroczyła łącznie w poprzednim roku podatkowym kwoty 200 000 zł. Do wartości sprzedaży nie wlicza się kwoty podatku. Szczegółowe uregulowania zawarte są w art. 113 ust. 2-13 ustawy o VAT.

Instytucja Zarządzająca może zdecydować, że podatek VAT będzie kwalifikowalny jedynie dla części projektu. Wówczas beneficjent jest zobowiązany zapewnić przejrzysty system rozliczania projektu, aby nie było wątpliwości w jakiej części oraz w jakim zakresie podatek VAT może być uznany za kwalifikowalny.

Właściwa instytucja (pośrednicząca / wdrażająca) będąca stroną umowy zapewnia, aby beneficjenci, którzy zaliczą podatek VAT do wydatków kwalifikowalnych, zobowiązali się dołączyć do wniosku o dofinansowanie projektu „Oświadczenie o kwalifikowalności VAT”, którego wzór opracowuje Instytucja Zarządzająca Programem Operacyjnym. Oświadczenie składa się z dwóch integralnych części. W ramach pierwszej części beneficjent oświadcza, iż w chwili składania wniosku o dofinansowanie projektu nie może odzyskać w żaden sposób poniesionego kosztu VAT, którego wysokość została określona w odpowiednim punkcie wniosku o dofinansowanie projektu (fakt ten decyduje o kwalifikowalności VAT). Natomiast w części drugiej beneficjent zobowiązuje się do zwrotu zrefundowanej ze środków unijnych części VAT, jeżeli zaistnieją przesłanki umożliwiające odzyskanie tego podatku. „Oświadczenie o kwalifikowalności VAT” podpisane przez beneficjenta powinno stanowić załącznik do zawieranej z beneficjentem umowy o dofinansowanie projektu. [sekcja 6.13 pkt 1-6 Wytycznych].